Sara Notario , 16 mars 2026

Dans l’affaire Commission contre Portugal (Zones spéciales de conservation – non-exécution d’un arrêt de la Cour) (C-613/24), rendu le 5 mars 2026, la Cour de justice de l’Union européenne (« la Cour ») a condamné le Portugal à payer une sanction pécuniaire pour ne pas avoir exécuté un arrêt constatant la violation de la Directive 92/43/CEE du Conseil, du 21 mai 1992, concernant la conservation des habitats naturels ainsi que de la faune et de la flore sauvages (« directive habitat »).

Afin de conserver des habitats naturels, de la faune et de la flore sauvages sur le territoire des Etats membres, la directive « habitat » a mis en place le réseau écologique « Natura 2000 », qui vise à assurer la survie des espèces et des habitats les plus menacés en Europe. Pour ce faire, le réseau inclut des zones spéciales de conservation (« ZSC ») désignées par les Etats membres. En accord avec ces derniers, la Commission européenne établit une liste des sites d’importance communautaire (« SIC »), que les Etats membres sont tenus de désigner comme ZSC dans un délai de six ans.

En l’espèce, le 5 septembre 2019, la Cour a rendu un arrêt dans l’affaire Commission contre Portugal (Désignation et protection des zones spéciales de conservation) (C-290/18) constatant le manquement du Portugal dans la désignation de certains SIC come ZSC dans les délais fixés, et dans l’adoption des mesures de conservation nécessaires, tel que prévu par la directive « habitats ».

En constatant que le Portugal n’avait pas exécuté l’arrêt de la Cour, la Commission a ensuite introduit un nouveau recours en manquement, au titre de l’article 258 TFUE, et a demandé à la Cour l’imposition de sanctions pécuniaires.

Dans le cadre de ce recours, la Cour a constaté la non-exécution de son premier arrêt par le Portugal, et lui a imposé le paiement d’une somme de 10 millions d’euros ainsi qu’une astreinte de 41 250 euros par jour jusqu’à l’exécution complète dudit arrêt.

Premièrement, la Cour a souligné que la législation adoptée par cet Etat membre, qui ne précise ni les typologies d’habitats naturels ni les espèces protégées présents sur chacun des sites protégés, est insuffisante vis-à-vis des obligations imposées par la directive « habitat ». Deuxièmement, la Cour a décidé d’un montant particulièrement élevé car les violations en cause constituent des infractions particulièrement graves au droit de l’environnement de l’Union européenne. Cela est aggravé par le fait que le Portugal abrite une biodiversité particulièrement riche et que, par conséquent, les enjeux pour le patrimoine commun de l’Union sont particulièrement pertinents dans ces zones.

En conclusion, la Cour de justice joue un rôle crucial pour faire respecter des obligations qui touchent directement des écosystèmes sur le territoire des Etats membres de l’Union européenne et dont la protection reste une priorité de l’Union.

Reproduction autorisée avec la référence suivante : Sara Notario, La violation par le Portugal de la directive « habitats », actualité n° 5/2026, publiée le 16 mars 2026, par le Centre d’études juridiques européennes, disponible sur www.ceje.ch;